海基會董事長鄭文燦因桃園市長任內涉及土地開發案中收賄，遭檢方聲押禁見，後法院裁定500萬交保，震驚全台。他的身分地位一度曾公認為政權接班人，蔡英文、鄭文燦跟賴清德三方關係錯綜複雜，賴清德接班後鄭文燦地位尷尬，「知賴」立委謝龍介早在4月就曾指出，賴清德對鄭文燦之爭議不斷也有所悉，「鄭文燦會慢慢沒戲唱，甚至會出事」，果不其然；藍營質疑賴清德找鄭文燦當海基會董座時，對鄭文燦的底細知不知情？其實是心知肚明。
澎湖漁船「大進滿88號」，2日在台灣的限制水域之外、中國大陸領海之內捕魚遭大陸海警扣押，陸委會表示將全力救援，海巡署管碧玲呼籲陸方依程序儘快放人，海基會則未表態，宛如蒸發，原來當時董座鄭文燦已身陷法網，自身難保。 鄭文燦擔任海基會董座一個月，可說屁股尚未坐熱，就被抓走，當初賴政府安排人事，他始終不在名單內，後來獲派海基會董座，以他曾貴為「儲君」，以及蔡朝末年掌握實權的副閣揆身分，許多人認為賴清德賞給他的職位有如「雞肋」。
兩岸官方關係長期冰封，賴清德一上任就因高倡兩國論被陸方認為挑釁，引發圍台軍演、取消ECFA清單部分產品關稅優惠，以及最近的「懲獨22條意見」等，一連串針對賴清德台獨的制裁行動，賴清德突然安排被歸類為「知中派」（其實就是綠營裡較傾中、不反中之士）的鄭文燦出掌海基會，因此有人解讀為賴清德希望透民間交流海基會，舒緩兩岸緊張關係；則鄭文燦的任職，就不是所謂的雞肋了。
但謝龍介早參透賴清德之意，其實賴早知鄭文燦已遭檢調鎖定，還刻意派他主掌海基會，顯然不只此職是雞肋，在賴清德眼中，整個海基會都是雞肋，除了安排酬庸，一無是處，則海基會在兩岸關係上，簡直不如一個屁；也顯見賴清德根本無意搞好兩岸關係。
2日「大進滿88號」漁船遭大陸海警船扣押後，鄭文燦身不由己無法表態，賴清德身為領導人，卻也裝聾作啞、置若罔聞，藍委因此批評他漠不關心，並指他在7月1日還大談領導人使命之一，是團結國人、保護二千三百萬人民身家、生命安全。但從他上任，就指使該黨立院黨團反守為攻，在立法院內朝野紛爭不止，在外鼓譟民粹包圍立法院滋生事端，當家帶頭鬧事，製造分裂、引發對立，談何「團結國人」？
針對漁船遭押事件，賴清德應該了解整個背景，其實是針對他的強硬台獨態度而來。以往台灣漁船不乏越界、違背陸方伏季休漁禁捕法律情事，卻未遭扣押；此次異於以往，陸方在伏季休漁期間全面強勢執法，恰在公布「懲獨22條意見」之後，顯示陸方已將往昔的中間地帶取消，一切依法論事；在政治上，大陸方面針對賴清德的兩國論，進一步以行動落實對台灣的主權。賴清德既已將自己局限在死硬台獨的一隅，對陸方的步步進逼，只能悶不吭聲；他現身發聲能說什麼？除了毫無作用的官樣文章，他文不能文（溫情喊話兩岸淵源）、武不能武（動用軍事武力救援），只能龜縮當鴕鳥。
鄭文燦的貪瀆事件爆發，恰好移轉各界對漁船遭扣押事件的關注，因此在野陣營質疑賴政府企圖以此移轉兩岸關係緊張，及施政不力焦點，又因賴鄭兩人過往交鋒背景，有關綠營高層內鬥的說法也甚囂塵上。但無論如何，鄭文燦曾身為蔡英文最青睞的接班人，是綠色權要的指標，卻涉及貪腐，也徹底砸碎民進黨以前標榜的「清廉、勤政、愛鄉土」招牌。
