賴清德的登基演說，毫不掩飾其強烈的台獨意識，拿中華民國包裝台獨，說「中華民國與中華人民共和國互不隸屬」，廣被解讀為兩國論，不過李登輝及蔡英文都曾表達過，雖引起兩岸緊張，卻未真正爆發衝突；但賴清德演說結尾的「台南宣言」，站在「台南400」的歷史時刻，台灣更要展現自信，讓世界迎接新台灣。讓她（新台灣）成為國際上「令人尊敬的偉大國家」，則是其台獨執念最直接表白，也為兩岸關係埋下新的變數。
就在賴清德演說後台股大跌，尤其觀光旅遊股從大漲到跌停，旅行社股更幾乎全軍覆沒。顯然賴清德所謂的鬆綁兩岸旅遊並不被期待，大家更憂心的是他的台獨意識，包括兩國論，及更激進的「台南宣言」。
在演說開端，賴清德拿李登輝1996年就職演說強調其主權論，指「第一位民選總統宣誓就職，向國際社會傳達，中華民國台灣是一個主權獨立的國家、主權在民」。但斷章取義，當年李登輝演說雖表示中華民國本來就是一個主權國家，但強調海峽兩岸沒有民族與文化認同問題，有的只是制度與生活方式之爭。「在這裡，我們根本沒有必要，也不可能採行所謂台獨的路線」。並說海峽兩岸因為歷史因素，而隔海分治，乃是事實；但是海峽雙方都以追求國家統一為目標，也是事實。兩岸唯有面對這些事實，以最大的誠意與耐心，進行對談溝通，化異求同，才能真正解決國家統一的問題，謀求中華民族的共同福祉。
兩岸關係的發展，後來果如李登輝當時所說的，「以最大的誠意與耐心，進行對談溝通，化異求同」，希望解決國家統一的問題。 直至蔡英文受獨派挾持，否定九二共識，公然推翻李登輝的「追求國家統一為目標」。第二任期，更斷絕兩岸對談溝通，遑論化異求同。賴清德則公然自況務實台獨工作者，在選舉期間，更數度表達反和平高姿態。昨天的就職演說，雖然表示和平是唯一選項，卻又召喚其信眾「每一個人，都要團結、愛護國家，反併吞、護主權」；所謂「反併吞、護主權」，正是已經被大多數人民拋棄的「抗中保台」基調，賴清德在和平及抗中之間首鼠兩端，顯然他的演說在美國壓力下，已邏輯錯亂。
從賴清德的就職演說分析，他大部分的兩岸論述，都在和平、維持現狀，以及護主權、創造台獨新局之間擺盪，顯然4月初羅森伯格銜命帶來的白宮旨意奏效，但在演說尾端卻圖窮匕見，以「選擇在台南舉辦接待國內外賓客」新作風，告示其「台南宣言」，說「台南400」，意味台灣歷史始於台南，並非如李登輝昔年所說「中華民族五千年優秀文化，起源於中原一隅」，大翻轉台灣民族文化起源。
因此他說站在「台南400」的歷史時刻，台灣更要展現自信，勇敢航向新世界，讓世界迎接新台灣，並狂妄表示要讓世界擁抱新台灣，使成為國際上「令人尊敬的偉大國家」，這才是他真正的兩岸觀，殊不知已一步步帶著台灣踩進兩岸紅線。他的和平選項、維持現狀都是假；他展現強烈台獨意識的「台南宣言」，甚至比「兩國論」更為凶險。
