台灣當局反制陸方改變M503航路運行方式，7日宣布，即日起停止招攬前往中國大陸旅行團，5月底前已成團的仍可按計畫前往大陸旅遊，但6月1日起將無限期停團。14日下午，台灣海巡戰艦追捕大陸漁船，導致漁船翻覆造成兩人死亡不幸事件；對此，國台辦認為台灣方面「一段時間以來，民進黨當局以各種藉口強力查扣大陸漁船，以粗暴和危險的方式對待大陸漁民，這是導致這起惡性事件發生的主要原因」，話說得很重，直指民進黨政府的惡意及刻意對手無寸鐵的大陸漁民施暴。
兩樁事件被認為升高兩岸敵意螺旋，在賴清德被公認於登基後，極可能挑起兩岸衝突的背景下，更顯得不尋常。蔡政府已進入看守期，於情於理，都不應該在因賴清德因素顯得相當不穩定的兩岸關係上惹事生非，卻一再挑起衝突，若非賴清德授意，或默許，就是蔡朝官員揣摩賴意，刻意製造兩岸爭端。
去年大選期間，旅遊業因民進黨長期封鎖兩岸觀光交流，嚴重影響生計，呼籲支持藍營下架民進黨，民進黨為了選情，由交通部宣布3月1日開放組團赴中國大陸旅遊，但賴清德當選後不到一個月就背棄承諾，表面理由是中方在外交上出手策動諾魯對台斷交，另外中南美邦交國也顯鬆動，至大陸宣布改變M503航路，民進黨政府立即反制斷掉對陸觀光旅遊，而且揚言「無限期」，明顯對新政府越俎代庖，若非賴清德授意或至少默許，看守政府豈敢如此膽大妄為？
海巡戰艦追捕大陸漁民致死事件，看似偶發不幸事故，但類似所謂越界捕魚情況以往層出不窮，台灣海警大都柔性勸導、點到為止，此次卻重裝追捕至船翻人亡，又恰在曾對兩岸一家親嗤之以鼻的賴清德即將接手統治權之際，難免引發許多聯想。（2023年10月21日，賴清德說：「接受一個中國原則的九二共識，或者是兩岸一家親口號……這是自欺欺人，也將會誤人誤己」）
事件發生後，台灣陸委會發表聲明，指陸籍「無船名」快艇於金門北碇島水域內越界捕撈，海巡署依法前往處置，執法過程並無不當。在大陸國台辦強烈譴責「台方驅離福建漁船致兩人罹難」後，陸委會主委才出面表示，陸委會、海巡署和對岸都有保持一定程度的聯繫，目前整起案件已經移交檢調進行調查，相關的資訊都報請檢察官指揮偵辦，有結果之後一定會通知對方，前倨後恭，顯然感到事態嚴重。
陸委會在第一時間指控大陸漁船「越界」簡直狂妄無知，渾然忘卻去年裴洛西事件後，兩岸傳統默契的海峽中線已經消失，現在海警拿越界追捕大陸漁船鬧出人命，還振振有詞指控對方「越界」，到底越哪條界線？國台辦正告台灣相關方面，要尊重兩岸漁民在「台灣海峽傳統漁區作業」的歷史事實，確保大陸漁民人身安全，切實杜絕此類事件再度發生。說法軟中帶硬，卻以傳統作業區明示陸方對海域界線的寬容。
不過陸方對界線的寬容，卻隱含解釋權在對岸手中，將因兩岸關係的緩緊充滿變數，因此台灣關心兩岸發展人士莫不呼籲應對此事件審慎以對，希望雙方能坐下來談，有學者甚至認為這是雙方對談的契機。
不過兩岸關係冰封已久，以賴清德的擇惡固執個性，除非有他難以承受的外力，要想改善兩岸關係恐非易事。他2015年曾不進議會230天，選舉期間賴皮寮事件鬧得沸騰，他至今堅不處理，勝選當天，他躊躇滿志，向國際媒體宣示台灣主權獨立。他在選後的謝票行程，也再三強調不惜一切捍衛主權。由此看來，春節前後的兩樁兩岸衝突事件，其實事出有因，甚至可能成為惡兆。
