在理論上，民主國家的行政、立法、司法三權應該是獨立運作，互相制衡，以維護國家機器的公正和有效運作。然而，台灣在過去十幾年來，藍綠對立的激烈政治競爭，卻使這三權的獨立性受到嚴重挑戰，政治力頻繁介入，導致三權分立的原則在實踐中屢次被打破。
首先，行政權被執政黨利用來鞏固權力和打擊異己的現象在台灣並不罕見。馬英九政府時期，特偵組對於陳水扁總統及其家族進行了高強度的調查和起訴。雖然陳水扁涉及貪污案件司法機關握有實據，但特偵組的選擇性執法與高度政治化的操作，讓人質疑其背後是否存在政治動機。蔡英文政府也被批評利用行政權力進行政治清算。2020年，前高雄市長韓國瑜被罷免，這一過程中行政資源的動用，以及罷免後立即進行市長補選，讓外界對政府的中立性產生質疑 。
還有立法權被工具化，立法機關本應代表人民意志，制定公平公正的法律，但在台灣，立法權經常被執政黨操控。蔡英文執政期間，民進黨在立法院擁有絕對多數，通過了包括反滲透法在內的多部具高度爭議性的法律，這些法律在立法過程中，反對黨和公民社會的意見常被忽視，顯示出立法程序的單方面性和強制性 。
最嚴重的是司法權的政治干預，司法獨立是法治社會的基石，但在近年來，司法權的獨立性經常受到挑戰。2008年，前總統陳水扁被判刑，但其案件中的司法程序和媒體報導方式引發了對司法獨立性的廣泛討論和質疑。此外，蔡英文政府時期，高法院長許宗力等高層人事任命，被認為有政治安排之嫌，進一步削弱了司法的公正性 。
賴清德的新政府時代剛剛開始，是否能在行政、立法與司法三方面回歸民主制度的問題，也成為學者與知識份子關心的議題。首先，在行政方面，賴清德面臨的挑戰是如何推動透明和負責任的治理，如何確保行政部門能有效執行政策，同時增加政策制定過程的透明度，讓民眾參與其中，這是回歸民主制度的關鍵一步。然而，現實中的官僚體系和既得利益者可能會對改革措施產生阻力，這是他必須克服的重大障礙。
在立法方面，賴政府需要與立法院密切合作，通過立法來保障民主價值和制度。然而，立法院的黨派對立和政治鬥爭可能會使立法過程變得複雜且緩慢。賴清德是否有能力展現高超的政治智慧與溝通技巧，在多方利益中找到平衡點，是各界關注且拭目以待的期待。在司法方面，確保司法獨立是賴政府面臨的另一大挑戰，雖然理論上司法機構應該獨立於行政和立法部門，但從蔡英文政府時代，司法受到政治影響的情況時有發生。賴清德是否能推動司法體制改革，加強法官的獨立性和專業性，確保司法系統不受政治干擾，做到公平正義，對此，多數民眾有期待也有質疑，更多的就怕政治干預三權的亂象更加嚴重。
