台灣高等檢察署11月6日偵查終結，依違反《國家安全法》及《貪污治罪條例》等罪嫌提起公訴，並對高金素梅具體求刑14年，這是台灣解嚴後首件現任立委因涉犯《國安法》遭起訴的案例，社會與法界對於該案適法性與合理性有不同面向的討論與爭議；媒體也批評檢方將在野監督問政與特定歷史脈絡直接曲解為收賄，有干預國會運作之嫌。
檢方指控高金素梅與前辦公室主任張俊傑等人，涉嫌自2005年起收受中共超過新台幣1.7億元資金，並透過「祖靈之邦團隊」等名義協助對岸公務機構在台發展組織，觸犯1996年舊《國家安全法》的「為大陸地區公務機構發展組織罪」。
高金素梅否認收受中資及發展組織，批評檢方在約談她短短3天內便火速起訴，質疑偵查過程過於草率，是為了轉移查緝不力的焦點，明顯是「未審先判」及政治追殺。部分政治人物則質疑檢方將人道救災與助學善款計入1.7億元資金中，擔憂引發寒蟬效應。
立委在國會針對軍購、兩岸或外交預算進行質詢與表決，屬於民意代表的職權與政治信念表現，檢方將問政立場直接與「受指示發展組織」劃上等號，恐有侵害言論自由與國會自主的疑慮，甚至被聯想為執政黨將黑手直接伸入司法體系。
1.7億元資金究竟流向何處、由誰實際支配，以及這些款項是否與高金素梅的立委職務行為構成法律上的「對價關係」，是貪污罪能否成立的關鍵；另依據過往法院判決見解，《國安法》所稱的「發展組織」構成要件，通常指對外招募新成員或壯大特定組織，高金素梅的團隊運作與國會問政是否符合此一要件，仍須經由法院嚴格檢視證據後才能做出最終判決。
