日菲兩國海域劃界談判擬劃定的專屬經濟海域及大陸礁層位於台灣東部外海，與台灣的經濟海域高度重疊，引發台海兩岸極端對立的反應，以及截然不同的外交與軍事角力。民進黨政府從「肯定國際法規範」轉為「要求協商並警告中國不要侵犯主權」，而大陸則採取「全面否定、大罵台獨出賣利益，並派遣海警船赴台灣東部實質巡查」的強硬反制。
台灣的外交部第一時間表示，菲日兩國在遵守國際法及《聯合國海洋法公約》前提下透過和平對話解決海事問題，與台灣一貫立場一致並予以「肯定」。面對輿論炸鍋及在野黨「喪權辱國」的質疑下，外交部隨後改口強調，台灣已向日菲兩國明確確認，談判過程及結果不會影響台灣依國際法享有的主權權利，並公開呼籲日菲必須就重疊海域與我方進行協商。
民進黨政府強硬回擊大陸，重申兩岸互不隸屬，中國無權置喙、更無權代替台灣對外發言。行政院則公開警告並譴責大陸，不應該藉由此一事件動用軍事與執法力量，試圖將台灣東部海域「內海化」。
大陸除嚴厲譴責民進黨「謀求政治私利、貼靠外部勢力」，大罵台灣當局「數典忘祖、出賣民族利益」，隨即展開實質施壓，派遣海警「岱山艦」編隊進入台灣以東海域，宣稱是針對日菲單方面啟動劃界談判進行的「依法執法巡查」，以實際行動宣示管轄權。
賴清德在出席公開活動時，面對媒體追問日菲海域談判相關問題，選擇轉身離去未做任何回應，身為國家元首，態度冷處理且不作為，迴避攸關主權與漁民權益的重大議題，「唾面自乾」的功力令人嘆為觀止。面對排山倒海的輿論壓力，賴政府各部會隨後進行緊急澄清與政策立場重申，但已難以扭轉「軟弱無能」的形象。
該海域重疊區是台灣漁民的重要作業範圍，如果日菲劃界壓縮了台灣的經濟海域，導致我國漁民捕魚權受損，甚至面臨菲國或日本執法單位的驅趕與罰款，將直接引發農漁會系統及漁民的反彈，對政府失去信心。對於向來被視為綠營票倉的中南部縣市與沿海鄉鎮，將帶來直接的選票流失風險。
這起事件成為在野陣營質疑民進黨「對外軟弱、對內霸道」的最佳切入點。若在野黨能將此議題與「國家主權」及「漁權保護」深度連結，成功激起民眾的愛國情緒與相對剝奪感，將對2026地方縣市長與議員選舉造成結構性壓力。
這起爭議也牽動中間選民及年輕世代對國家安全與外交策略的評估。相較於過去馬政府時期的強勢護漁，若賴清德政府無法在國際談判中為台灣爭取到實質參與或權益保障，與大陸的強硬表現有天壤之別，可能讓選民對執政團隊的國際談判能力產生疑慮，這種情緒持續發酵，對綠營選情恐將雪上加霜。
