為感謝COVID-19疫情3年多來，熱心捐贈援助物資，以及付出時間精力支援防疫團隊的幕後英雄，衛生福利部疾病管制署於5月2日在台北舉辦「COVID-19捐贈感恩暨授獎表揚晚會」，邀請疫情期間投入防疫守護台灣的政府與民間及醫療單位代表出席，在台灣防疫期間，一直守護台灣的慈濟基金會，也由慈濟慈善事業基金會執行長顏博文代表與會。
為因應COVID-19疫情而成立的中央流行疫情指揮中心，隨著嚴重特殊傳染性肺炎將自第5類法定傳染病改為第4類，因此中央流行疫情指揮中心於2023年4月27日正式解編，防疫回歸常態化。
走過1,194天的台灣防疫期間，防疫物資提供、疫情紓困及安學計畫，合計援助3,986,766件，慈濟投入防疫的守護與關懷一直都在。
2019年12月，全球出現第一例新型冠狀肺炎病例，慈濟即刻於2020年1月28日成立「防疫總指揮中心」，隨著疫情的轉變，持續做滾動式運作。疫情第一年守護醫療及第一線工作人員，提供口罩、手套、防護/隔離衣、帽、護目鏡/面罩、安心祝福包、布口罩等，合計469,886件。
2021年5月 19日衛福部宣全臺三級警戒，慈濟以五大項關懷行動：醫療防疫物資捐贈、疾疫紓困，安學計畫、設立社區防護站，及採購捐贈五百萬劑BNT原廠疫苗，擴大關懷範圍，守護健康、守護生命。
在防疫期間，慈濟不僅不間斷的提供醫療防疫物資援助，同時也一直守護第一線單位與人員。
「我們不知道每天所接觸的人是健康？還是確診？」這是第一線工作人員的憂心。
2021年5月，台灣出現三級疫情初期，全臺醫療量能吃緊，急缺相關防疫裝備，慈濟接獲需求，緊急向海外採購，並調度一切可用資源，在第一時間將製氧機、呼吸器、快篩試劑、防護衣、隔離衣、N95口罩、防護面罩、醫用手套等，送到醫療院所、警消機構、海巡署、台鐵等單位，做第一線防疫人員最堅實的後盾。
台灣在防疫期間曾出現在餐飲停業、學校停課不停學等措施下，社福團體、中低收入戶及弱勢族群，生計受到影響，慈濟即時提供紓困金、物資卡、安心生活箱、安心生活包。
疫情持續，關心弱勢學子暑期的營養需求，在全臺十五縣市啟動「弱勢學童暑期營養紓困計畫」，攜手果菜市場、農會、計程車、貨運行及在地農產加運輸業者，以「安心生活箱」顧營養、用「健康蔬果箱」顧健康，這沉甸甸的限時專送禮物，是集合跨界合作的大力量，讓全家吃得健康、營養，過程中更讓在地小農、計程車等業者也獲得收入。
疫情嚴重的2021年，在紓困部分就援助疾疫紓困金（11,164戶）、生活物資卡（1,672張）、安心生活箱（111,874箱）、安心祝福包（15,100份）、大米（1,131,490公斤）等 ，合計援助 1,670,332 件。另外，提供製氧機、呼吸器、口罩、防護衣/隔離衣、帽、鞋、防護面罩、快篩試劑、防疫隔離罩等合計2,677,215件
同時也推動關懷弱勢家庭學子「安學計畫」，提供無線分享器（15,027臺） ／新購或二手電腦（4,849臺）／青年線上伴學趣大學伴工讀1,183人／青年線上伴學趣小學伴伴學3,162人，合計24,221件。
隨著三級警戒四度延長，增加疫苗覆蓋率，成為守護生命健康重要的一環！
6月23日，慈濟基金會正式向衛福部遞件申請500萬劑BNT疫苗緊急進口，而選擇BNT疫苗是基於以下三點理由:
(1)BNT疫苗是我們目前所知最好的疫苗之一。
(2)BNT現行產能的供應比較能夠符合我們緊急的需求。
(3)BNT疫苗是目前市面上唯一能施打在12-17歲青少年的疫苗。
因此，慈濟本著搶救生命的人道精神，依循合法程序與完備文件流程，匯聚全球慈濟人及社會愛心人士的力量，完成500萬劑BNT疫苗的採購與捐贈。終於在2021年9月2日，首批BNT原廠疫苗運抵臺灣，並於2022年1月27日全數到貨，共同見證政府與民間防疫共善的歷史時刻。匯聚全球慈濟人及社會愛心人士的力量，完成500萬劑BNT疫苗的採購與捐贈，提供12-17歲年輕人及民眾施打，於2022年1月27日疫苗全數底臺。
除500萬劑BNT疫苗採購守護國人防疫健康外，應縣市政府或醫療單位提出需求，用最短的時間協助搭建25座組合屋式及移動式篩檢站，增加篩檢量能。
另，配合政府防疫政策，慈濟在15縣市開放36座靜思堂及會所作為疫苗接種站，讓居區民眾安心就近施打疫苗，合計服務65萬8823人次民眾。
慈濟自1986年在花蓮啟建靜思堂，爾後於各縣巿設有不同型類的道場，功能雖略不同，共同的是提供民眾自在進出、歇腳的好去處，也是志工教育訓練、慈善工作運作、社會推廣教育、會議、慈善展覽活動等所在地，更是社區防災運作的場所，此次化身疫苗接種站，功能活化再升級，用最近的距離守護民眾健康。
2022年元旦後，臺灣出現首例新冠肺炎變異毒株OMICRON本土病例，社區陸續傳出疫情。時至3月下旬，全臺確診個案數逐日升高，由於變異毒株的傳播速度快、範圍廣，以致疫情持續擴大，5月達疫情最高峰。
疫情第三年，慈濟依然在第一時間啟動關懷行動，為第一線防疫單位提供相關防疫物資需求，提升防疫能量，防疫紓困行動不停歇，防疫關懷行動持續提供防疫物資、發放物資卡、弱勢家庭就學子女筆電、平板等學習設備等。合計提供快篩試劑、安心生活箱、安心祝福包、安心祝福禮、口罩、防護面罩、隔離衣等27項防疫物資，合計838799件，提供弱勢家庭物資卡1440張、及筆電、平板等弱勢學子學習設備772台。
由於新冠肺炎變異毒株Omicron確診者以輕症及無症狀居多，為了擴大醫療應變量能，中央流行疫情指揮中心強化確診者輕重症分流。如新北市於4月中旬啟動「居家照護計畫」，並成立居家照護關懷中心，協助輕症居家照護者或密切接觸者，處理因無法出門所產生的種種生活困難，及其他緊急事故。
慈濟應新北市中和、八里、汐止區等區公所邀請，動員志工進駐居家照護關懷中心，透過專線電話關懷居家照護者、居家陽性者。疫情日趨嚴峻，5月新北市單日確診已突破萬人，居家照護人數也超過三萬人，市政府關懷專線擴增急需人手，於是大臺北地區志工投入支援，包含繕打資料、電話關懷等作業。
疫情衝擊生活也衝擊家庭經濟，慈濟啟動「送愛無距離、慈濟關心您」疾疫紓困專案，提供紓困生活金、紓困就學金，除慈濟既有提報管道外，申請方式包含線上、免付費電話及親洽慈濟各地社服組等三種方式進行。經資料審核後以電話或面訪，評估申請者需求及發放款項、物資等援助，讓遭遇經濟困難的家庭、學子能夠安身安心。政府與民間團體通力合作、固守民眾健康，盼人人都能平安，度過疫情難關。
