民眾黨主席柯文哲在該黨代表大會及5周年黨慶開始前，表示藍白兩個政黨DNA差太多，藍白合很困難。似已預告未來選舉民眾黨跟國民黨很難再有合作機會。但前陣子又傳出他對於當初藍白合破局感到後悔，外界解讀是因此讓賴清德當選，不僅民眾黨沒分贓政治職位，該黨唯二縣市長之一的新竹市長高虹安也因涉貪被判有罪停職，而且傳言紛云，柯文哲本人因北市長任內涉及三大弊案，可能會繼鄭文燦以後被鎖定偵辦。
柯文哲的說法，顯示他對藍白合的舉棋不定，從去年10月至今仍首鼠兩端，未來兩黨要在選舉合作，恐怕更加困難。這不但是兩黨DNA差太多，而且民眾黨向屬柯文哲一人政黨，柯本人形象聲望江河日下，再無去年一般有跟國民黨叫板的本錢；柯文哲說兩黨可以合作，縱使如此，民眾黨也缺乏主動優勢，變成被動。
在民眾黨黨慶大會，該黨立院黨團總召黃國昌「火烤」質問柯文哲，「一個號稱智商157的人，怎麼會被國民黨騙去簽6點協議？」，並說對柯主席的「如何提高頻道流量」提問，他未回答，因「愚人的問題，智者無法回答」；立院民眾黨團主任陳智菡說這些（近於對柯攻擊的真話）都是「娛樂效果」，如有雷同、純屬巧合。但外界看來，絕對雷同，巧合恐未必，而是真實批鬥。
黃國昌譏笑柯文哲被國民黨騙去簽6點協議，是否被騙柯文哲自己心知肚明，黃國昌在柯文哲簽6點協議時，還不是民眾黨徒，他旁觀者清，應該知道怎麼回事；去年11月23日柯文哲毀約，這段黃國昌未提，黃國昌在柯文哲簽約後次日加入民眾黨，柯的毀約，他是否獻策不得而知；他在「娛樂效果」中略而不談，應知這絕對踩中柯文哲痛腳，柯文哲的毀約，不僅人格上造成汙點，也失去藍營對他的信任，藍白從此難合，不僅只是雙方DNA落差，更嚴重的是信任基礎全失。
至於柯文哲所謂「和」，則是機會主義、利益取向，沒有大局為重考量。例如本屆立法院藍白兩黨團合作，並不是柯文哲不想靠攏賴清德，同民進黨合作，而是他控制不了黨團，尤其黃國跟柯建銘、蔡其昌的勢不兩立，以及與民進黨的理念背道而馳，根本無可能跟民進黨合。目前成為朝野對立焦點的國會改革案，重點在彰顯國會的制衡權力，這也是黃國昌信誓旦旦必須落實，卻是執政當局勢必排除的爭點。
立院的藍白合，在黃國昌成為民眾黨團總召後，已是勢所必然，這無關DNA，而是不合則無以達成共同目標。至於未來選舉，以現實狀況，2026的地方大選民眾黨除黃國昌或柯文哲御駕親征外，有何縣市長逐鹿人選？遑論民眾黨在地方根基薄弱，更何況藍營在地方佔盡執政優勢，何須跟白營合？再遠眺2028，國民黨大有可能是盧秀燕，斯時柯文哲處於何等狀態？實未可知，要談藍白合，更言之過早。
