日本長崎8月9日舉行原爆和平紀念典禮，台灣代表席次被劃設於使節團區域之外，台灣駐日代表李逸洋認為此舉刻意矮化台灣「國格」與地位，憤而拒絕出席並改由福岡分處處長降級與會。賴清德政府以為此舉在捍衛主權，事實上卻是自曝其短，在外交界被認為無理取鬧、自取其辱，活脫脫就像一個要不到糖吃就坐在地上耍賴的小屁孩。
長崎市長解釋，因台灣在日本未設有駐外公館，本就不符合正式邀請資格，安排海外席是比照往年特殊處理。民進黨則認為去年台灣珍惜首次有機會參加長崎原爆和平紀念典禮，為宣示堅守和平決心而忍辱出席，但會後立即發表聲明抗議不公待遇。一年來雖多次向長崎市政府力爭，也透過當地議員及民間團體持續努力，但遺憾對方仍改變給予台灣的待遇。
其實，將外交座位安排與民間地震賑災做道德綁架並無實質外交助益，在外交禮儀上，日本地方政府往往需依循國家框架，未必能全由地方首長左右。民進黨只敢向長崎市政府抗議，卻不敢升高層級向高市早苗政府表達強硬態度，因為賴清德自己也知道，過度炒作此事更像是政治表演，反而讓日本官方在努力改善與中國的關係時，將台灣當作是「麻煩製造者」。
從這次事件來看，凸顯日本政壇內部對台的「溫差」，反映出日本政壇並非鐵板一塊，「親中派」與「親台派」相互傾軋暗潮洶湧。雖然日本中央政府與多數國會議員長期對台高度支持，但地方政府仍可能因涉中利益或壓力而做出不同決策，高市早苗政府至今卻冷處理，這項發展在政治與外交層面，普遍被解讀為台日關係可能由熱轉趨降溫的警訊。
學者與在野黨分析指出，長崎市政府的外交席次安排並非單一疏失，而是反映了日本中央政府近期為了改善與調整中日關係，在對台政策上開始微調並走向務實謹慎，意味著日本在涉及主權、國格的正式或大型官方場合上，可能會更嚴格執行「一中」規範，對台外交層級與公開待遇的突破恐面臨更大阻力。
7月28日熊本縣發生規模7.1強震，共釀38死及設施嚴重受損的災情，台灣政府、企業及民間團體陸續投入援助，迄今捐款已突破新台幣2億元。每當日本發生天然災害，民進黨政府就喜歡炒作「台灣捐款居世界各國之冠」的新聞，藉此對外展現台日關係「堅若磐石」的假象，再加上台灣長年對日本展現極高好感度，包含台積電赴九州投資，不少民眾也一廂情願認為日本「應該」對台灣相對回報。
國民黨批評執政黨此時將長崎事件推給中共打壓是「外交失能」，只會吹破過去大內宣的「台日友好」泡泡；事件若持續擴大或重演，可能引發部分台灣民眾對於「台灣熱臉貼日本冷屁股」的挫折感，進而削弱未來政府推動深化台日經濟、軍事安全合作時的國內民意支持度。
